El doctorado está abierto a candidatos con el grado de Maestro o Maestra (o equivalente en el caso de extranjeros) y con estudios previos de Arqueología, Historia, Antropología, Lingüística o disciplinas afines. Los magísteres del PEA, cuyo trabajo de tesis se haya orientado hacia la formulación de un proyecto de investigación de más largo alcance (es decir, de nivel doctoral), tienen derecho de ingreso automático al doctorado en la especialidad principal que les corresponde. En el caso de los magísteres del Programa de Estudios Andinos que quieran escoger para el doctorado una especialidad diferente de la suya –así como de los graduados de otras maestrías de la PUCP– la comisión de admisión podrá condicionar su admisión a la aprobación de cursos o seminarios, hasta la totalidad (con excepción de los seminarios de tesis), del programa de maestría de la especialidad escogida.

La selección de los otros candidatos se hará mediante la evaluación de su curriculum vitae et studiorum, de un proyecto de investigación y de una entrevista. Los candidatos no residentes en el Perú podrán ser exonerados de este último requisito. Para los candidatos no graduados en la PUCP, la comisión de admisión establecerá en cuáles cursos o seminarios (excluidos los seminarios de tesis) del programa de maestría de la PUCP en la especialidad principal escogida, tendrán que matricularse (y aprobar) como condición de admisión al doctorado.

La comisión de admisión está integrada por el comité asesor del PEA y el coordinador de la maestría o doctorado de la especialidad escogida como principal.