El alumno deberá aprobar cursos y seminarios por un mínimo de 48 créditos: 24 en cursos y seminarios obligatorios de la Maestría en Historia y/u otros cursos o seminarios de la misma especialidad, con previa aprobación del Comité Asesor del PEA, y 24 créditos en cursos y seminarios de libre elección, así como sustentar y aprobar, en acto público, una tesis ante un jurado constituido por especialistas de al menos dos de las disciplinas que integran el programa.

En lo que respecta a las asignaturas de libre elección, el estudiante tendrá que llevar:

• 9-12 créditos correspondientes a un curso o seminario (obligatorio o electivo) de cada una de las otras tres maestrías (Antropología, Arqueología y Lingüística) del PEA.
• 3-4 créditos correspondientes a un seminario o un curso (obligatorio o electivo) de una de las otras tres maestrías (Antropología, Arqueología y Lingüística) del PEA.
• 8-12 créditos de libre disponibilidad, correspondientes a dos cursos o seminarios (obligatorios o electivos) de cualquiera de las cuatro maestrías (Antropología, Arqueología, Historia y Lingüística) del Programa de Estudios Andinos.

La elección de los cursos deberá responder a un currículum personalizado y elaborado con el asesor de la especialidad principal sobre la base de los intereses específicos y del proyecto de tesis del alumno, y deberá ser aprobado por el Comité Asesor.