Para completar el programa debes aprobar cursos y seminarios por un mínimo de 64 créditos: 24 en cursos obligatorios y de especialización en una primera etapa, y 40 créditos de seminarios de tesis para la elaboración de la tesis doctoral, en el segundo año.
El plan de estudios del Doctorado en Matemáticas contiene estas fases:
En el primer año, debes escoger entre los cursos de formación y especialización que ofrece cada línea. Serás guiado por un tutor, que te ayudará a escoger el plan que se adapte mejor a tu proyecto de tesis. Tendrás que aprobar seis cursos (24 créditos) elegidos de la lista de cursos de Formación y de Especialización.
| MAT751 | Álgebra Conmutativa MAT751 4 | 4 |
| MAT734 | Análisis Funcional MAT734 4 | 4 |
| MAT756 | Geometría Algebraica MAT756 4 | 4 |
| MAT761 | Topología Diferencial MAT761 4 | 4 |
| MAT800 | Variedades Complejas MAT800 4 | 4 |
| MAT806 | Aplicaciones Armónicas MAT806 4 | 4 |
| MAT807 | Estructuras Geométricas 1 MAT807 4 | 4 |
| MAT808 | Estructura Geométricas 2 MAT808 4 | 4 |
| MAT755 | Curvas Algebraicas MAT755 4 | 4 |
| MAT757 | Superficies de Riemann MAT757 4 | 4 |
| MAT758 | Varias Variables Complejas MAT758 4 | 4 |
| MAT738 | Topología de Variedades MAT738 4 | 4 |
| MAT809 | Geometría Analítica Local MAT809 4 | 4 |
| MAT810 | Martingalas e Integración Estocástica MAT810 4 | 4 |
| MAT811 | Proceso de Markov MAT811 4 | 4 |
| MAT812 | Tópicos de Álgebra 1 MAT812 | |
| MAT813 | Tópicos de Geometría 1 MAT813 4 | 4 |
| MAT814 | Tópicos de Geometría y Dinámica Compleja MAT814 4 | 4 |
| MAT815 | Tópicos de Probabilidad 1 MAT815 4 | 4 |
| MAT821 | Tópicos de Álgebra 2 MAT821 | |
| MAT822 | Tópicos de Álgebra 3 MAT822 | |
| MAT823 | Tópicos de Álgebra 4 MAT823 | |
| MAT824 | Tópicos de Geometría 2 MAT824 4 | 4 |
| MAT825 | Tópicos de Geometría 3 MAT825 4 | 4 |
| MAT826 | Tópicos de Geometría 4 MAT826 4 | 4 |
| MAT827 | Tópicos de Geometría y Dinámica Compleja 2 MAT827 4 | 4 |
| MAT828 | Tópicos De Geometría Y Dinámica Compleja 3 MAT828 4 | 4 |
| MAT829 | Tópicos De Geometría Y Dinámica Compleja 4 MAT829 4 | 4 |
| MAT830 | Tópicos de Probabilidad 2 MAT830 4 | 4 |
| MAT831 | Tópicos de Probabilidad 3 MAT831 4 | 4 |
| MAT832 | Tópicos de Probabilidad 4 MAT832 4 | 4 |
| MAT656 | Introducción a la Economía Matemática MAT656 4 | 4 |
Es un requisito para iniciar la tesis de doctorado. Deberás rendir el examen al finalizar el semestre 3 de la Etapa 1. Si requieres más de cuatro semestres académicos, el caso deberá ser evaluado por el Comité Directivo. Para presentarse a este examen, tienes que haber aprobado los 24 créditos de la Etapa 1 (12 de ellos de cursos obligatorios).
El examen consiste en dos pruebas orales que corresponden a dos líneas de investigación diferentes: un examen en la línea elegida para desarrollar tu tema de tesis, que será la principal; y un segundo examen en otra línea, que será la secundaria. El temario será elaborado por ti y el probable asesor de tu tesis, y será aprobado por los jurados. El intervalo máximo entre un examen y otro será de un mes.
El Comité Asesor del programa nombrará dos jurados, uno para cada examen. El jurado del examen de línea principal estará conformado por tres especialistas en esta área y uno de ellos deberá ser el posible asesor de tesis. El jurado del examen de la línea secundaria estará integrado por tres especialistas en la misma.
Luego de la exposición y de las respuestas a las preguntas formuladas, los miembros del jurado en cada caso deliberará en privado y decidirá si has aprobado el examen, te da una última oportunidad en un segundo examen o reprueba tu examen. Cualquiera fuera el resultado de los exámenes, el Comité Directivo te lo comunicará personalmente. Si apruebas el examen de calificación, el Comité Directivo nombrará un comité de tesis, integrado por tres especialistas, uno de ellos el asesor de tu tesis y otro de una línea de investigación diferente. Tendrás un mes para presentar el plan de tesis.
Consiste en cinco seminarios de tesis por 40 créditos y está dirigida a la elaboración de tu tesis doctoral. Debe ser un trabajo de investigación original y susceptible de difusión internacional. Cada seminario está organizado en base a exposiciones semanales del avance de tesis y son dirigidas por el asesor de tesis. En la evaluación del seminario de tesis se tendrá en cuenta la opinión sobre tu participación del Comité de Tesis.
Según el artículo 92 y la Disposición Transitoria Única del Reglamento de la Escuela de Posgrado, los plazos para graduarse son los siguientes:
| Condición de los alumnos | Maestría | Doctorado |
| Alumnos admitidos ANTES del 2017-1 | 31 de diciembre del 2025 | |
| Alumnos admitidos a partir del 2017-1 | 8 años | 10 años |
Vencidos los plazos antes mencionados, caduca el derecho de los alumnos para que puedan graduarse.
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